ملاصدرا در روز نهم جمادی‌الاول سال ۹۷۹ قمری (هفدهم مهر ۹۵۰، ۱۵۷۱ میلادی)، در شیراز و در محله قوام زاده شد و نام او را محمد نامیدند. به روایتی پدر او خواجه ابراهیم قوام، مردی دانشمند و وزیر فرماندار پارس – محمد میرزا که بعدها به شاه محمد خدابنده معروف شد بود – و صدرالدین محمد تنها فرزند او، حاصل یک دعا بود. به باور هانری کربن خواجه ابراهیم بازرگان بود و به خرید و فروش مروارید، شکر بنگاله و شال کشمیری می‌پرداخت. وی هر از گاهی برای به دست آوردن مروارید به مغاص لؤلؤ در بحرین می‌رفت.

ملاصدرا در سن ۶ سالگی به همراه پدرش در پی شاه محمد خدابنده به قزوین پایتخت آن دوران صفویان رفت و دوران نوجوانی و جوانی اش را در آن سامان سپری کرد، او درمدرسه «التفاتیه» قزوین حجره‌ای داشت که هم‌اکنون نیز برای بازدید «طلبه‌ها» و «گردشگران» پابرجااست، سنگ بنای پیشرفت علمی او در حوزه‌های علمیه قزوین بود. در همان‌جا با شیخ بهایی و میرداماد آشنا شد و پس از انتقال پایتخت به اصفهان، با استادانش به اصفهان مهاجرت نمود.

ملاصدرا پس از کسب درجهٔ اجتهاد، به تدریس در مدرسهٔ خواجه پرداخت، اما از آنجایی که نظریاتش در برخی مسائل فقهی با بیشتر دانشمندان قشری اصفهان متفاوت بود، او را به بدعت‌گذاری در دین متهم ساختند و خواهان اخراج او از مدرسه و در نهایت تبعید او از اصفهان شدند. بدین سان ملاصدرا از اصفهان تبعید شد. او راه مورچه خورت را در پیش گرفت و از آن‌جا راهی کهک قم گشت. برخی از اتهام‌هایی که به وی می‌زدند در کتاب گفتگوی خرد آمده‌است.

بنا بر مشهور ملاصدرا در سال ۱۰۵۰ قمری (۱۶۴۰ میلادی) درگذشته‌است، اما مطابق یادداشت‌های نوه او به نام محمد علم‌الهدی (فرزند فیض کاشانی)، سال صحیح درگذشت وی ۱۰۴۵ قمری (۱۶۳۵ میلادی) بوده‌است، و گسست ناگهانی و ناقص ماندن برخی نوشته‌های وی مانند تفسیر قرآن و شرح اصول کافی از (شیخ کلینی) در حدود سال ۱۰۴۴ قمری (۱۶۳۴ میلادی)، تاییدکننده این ادعاست.