جواد فکوری در ۷ مهرماه سال ۱۳۶۰ در راه بازگشت از جبهه بر اثر سقوط پرواز هرکولس سی-۱۳۰ نیروی هوایی ارتش ایران ۱۳۶۰ به همراه جمعی از فرماندهان ارتش و سپاه، تیمسار سرلشکر فلاحی، سرهنگ نامجو، سرداران کلاهدوز و جهان آرا، کشته‌شد. پس از مرگش، حکومت جمهوری اسلامی وی را به درجه تیمسار سرلشکر ترفیع درجه داد و از او به‌عنوان رسمی «شهید تیمسار سرلشکر جواد فکوری» یاد می‌کند. او در «قطعه ۲۴ شهدا ردیف ۷۳ شماره ۲۵» بهشت زهرا در تهران به خاک سپرده شده‌است. نورالدین کیانوری دربارهٔ علل مرگ سرلشکر فکوری، اتفاقی بودن سانحه هوایی را صراحتاً زیر سؤال برد و دست «عوامل دشمن» را در کار دید.